1990年，福建省绿色食品事业开始起步；1993年成立了福建省绿色食品办公室； 1995年成立福建省绿色食品工作领导小组，小组下设办公室；1998年成立福建省绿色食品发展中心，为农业厅直属事业单位。主要职责包括：承担无公害农产品、绿色食品、有机食品、农产品地理标志产业政策研究及产品安全质量、认证、开发、技术研究与推广；参与农产品质量安全监督管理等工作。